家畜粪尿及畜产品加工场污水随意排放极易造成水体的富营养化。这些污物不经处理直接排入自然水体,如水库、湖泊、稻田等水域。水中的水生生物，如藻类，获得氮、磷、钾等丰富的营养后立即大量繁殖，消耗水中的氧，在池塘威胁鱼类生存，甚至死亡。在媒体上常见的是工业污水引起鱼类死亡，在实际中的畜禽场旁的鱼塘鱼类死亡常有发生；在稻田使禾苗徒长、倒伏、稻谷晚熟或不熟，使水稻绝收。由于水生生物大量繁殖，水中的有机物在水底层厌氧分解，产生硫醇等恶臭物质，使水体变黑变臭, “富营养化”的水体很难再净化和恢复生机，这也是畜牧业生产污染的一个主要对象